「第二青函丸」貨車航送船 青函丸戦前型が就航。1945年（昭和20年）7月14日、空襲沈没。

青森 - 函館間直通の荷物車を航送開始。

低気圧による荒天で浸水・座礁など相次ぎ被害多数。「飛鸞丸」は浸水による操舵困難に加え、アンテナ線が切れたため通信不能となって一時遭難が疑われる事態となった。なお、この日は函館大火が発生している。

「第三青函丸」貨車航送船 青函丸戦前型が就航。

1945年（昭和20年）7月14日、空襲沈没。

「第四青函丸」貨車航送船 青函丸戦前型が就航。

1945年（昭和20年）7月14日、空襲沈没。

「第五青函丸」貨車航送船 W型戦時標準船が就航。1945年（昭和20年）3月6日、強風により接岸に失敗して沈没。

「第六青函丸」貨車航送船 W型戦時標準船が就航。1945年（昭和20年）7月14日、空襲沈没。1947年（昭和22年）2月2日、浮揚復航し車載客船化。1964年（昭和39年）5月3日、終航。同年8月、三菱商事に売却。

「第七青函丸」貨車航送船 W型戦時標準船が就航。1947年（昭和22年）9月、デッキハウスを造設し車載客船化。1964年（昭和39年）12月31日、終航。1965年（昭和40年）8月、三井物産に売却。

「第八青函丸」貨車航送船 W型戦時標準船が就航。1946年（昭和21年）4月30日、デッキハウスを造設し車載客船化。1964年（昭和39年）11月30日、終航。1965年（昭和40年）1月、日綿実業に売却。

就航予定だった「第九青函丸」が函館へ回航中、千葉県勝浦沖で座礁・沈没。

青森港内にて、戦時設計（戦時標準船W型）の「第五青函丸」が防波堤に接触し沈没。死者・行方不明者82名。

「第十青函丸」貨車航送船 W型戦時標準船が就航。同年7月14日、空襲沈没。

アメリカ海軍艦載機の空襲により全連絡船12隻が被害を受け（8隻沈没、2隻大破炎上、2隻航行不能、352人死亡）、壊滅状態となる。

「第一青函丸」がアメリカ海軍艦載機の空襲により沈没。

午前8時15分、アメリカ軍が広島市にウラン235原子爆弾リトルボーイを投下した。

午前11時02分、アメリカ軍が長崎市にプルトニウム239原子爆弾ファットマンを投下した。

「亜庭丸」が陸奥湾でアメリカ海軍艦載機の空襲により沈没。

敗戦　玉音放送

「景福丸」元・関釜連絡船が転属就航。

「第十一青函丸」貨車航送船 W型戦時標準船が就航。

伝染病の伝播防止のため乗船客に対しDDT散布を義務付け。1950年（昭和25年）4月まで実施。

連合軍専用列車1201・1202列車を上野駅 - 札幌駅間で運転開始。青森駅 - 函館駅間は青函連絡船（当時はW型船、後H型石狩丸も加わる）に客車を積み込ませたが、これが初の客車航送となった。この列車は後に「Yankee Limited」（北部特急）と命名されている。

「第十二青函丸」貨車航送船 W型戦時標準船が就航。

青森県小湊にLST用岸壁完成。翌2日より函館 - 小湊間で貨物車両航送を開始（1948年（昭和23年）2月まで運航）。

「石狩丸」（初代）が就航。

函館桟橋駅の戦災復旧工事を開始。

「昌慶丸」元・関釜連絡船が転属就航。

「洞爺丸」車載客船 洞爺丸型が就航。

吹雪・大シケで出航見合わせ中にRTOの顧問が進駐軍専用船の石狩丸に函館出航を命令。難航の末丸一日がかりで青森に到着する事態に。この事態を受けてRTOの船舶管理部への対応が見直される事になった。

1948年（昭和23年）

「北見丸」貨車航送船北見丸型が就航。

「十勝丸」（初代）貨車航送船石狩丸型が就航。

「羊蹄丸」（初代）車載客船 洞爺丸型が就航。

「渡島丸」（初代）貨車航送船石狩丸型が就航。

「摩周丸」（初代）車載客船 洞爺丸型が就航。

「日高丸」（初代）貨車航送船北見丸型が就航。

「大雪丸」（初代）車載客船 洞爺丸型が就航。

日本人も乗車できるマイネ40形1等寝台車航送を洞爺丸型で開始。

日本国有鉄道法施行に伴い、公共企業体日本国有鉄道（国鉄）に移管。

連絡船内にて、食堂の営業を開始。

渡島丸（初代）と洞爺丸が同時に日本の商船初のレーダーを取り付け。

津軽海峡への浮流機雷流入に伴い、連絡船の夜間運航中止。約5年間に渡って断続的に旅客便の夜間運航の中止（乗船客は船内待機、夜明けを待って出港）、接続列車の不接続など運航ダイヤの混乱が続いた。連合軍専用列車の寝台車航送も休止。

洞爺丸型によるマイネ40形1等寝台車航送休止、以後再開されず。

連合軍専用列車1201・1202列車が特殊列車に改称。日本人の乗車も許可され、同列車のマイネフ38形1等寝台車の航送再開。

函館桟橋駅の出札再開に伴い、本州方面の乗車券発券を函館駅から同所に変更。

台風15号（洞爺丸台風）に伴う暴風雨が原因で、航行中の「洞爺丸」が函館郊外の七重浜に座礁し転覆・沈没。他に「第十一青函丸」・「北見丸」・「十勝丸」（初代）・「日高丸」（初代）の4隻も沈没。あわせて1,430人の犠牲者を出した。いわゆる国鉄戦後五大事故の一つに数えられる洞爺丸事故である。これを機に客車航送は中止。この事故を契機に青函トンネル計画が具体化されることになった。

「檜山丸」（初代）貨車航送船 檜山丸型が就航。

「空知丸」（初代）貨車航送船 檜山丸型が就航。

「日高丸」（初代）が復旧し、就航。

「十勝丸」（初代）が復旧し、就航。

「十和田丸」（初代）車載客船が就航。1967年

（昭和42年）5月6日、貨車航送船に改造のうえ石狩丸（2代）として就航。

 1等指定席を新設。自在腰掛（リクライニングシート）で座席確保が確実なため好評となる。

「第六青函丸」が終航（同年6月10日廃止）。

「津軽丸」（2代）車載客船 津軽丸型が就航。

青函航路初の自動化第1船。客船ながら、これまで

の貨車航送船よりも多い４８両の貨車を積載する大

型船。運航時間も在来船の4時間30分から3時間50分

に短縮され「海の新幹線」といわれた。以後建造さ

れた客貨船はすべて津軽丸型。

函館桟橋で「津軽丸」（2代）から乗客が転落し、

死亡する事故が発生。これに伴い、「別れのテー

プ」が禁止される。

「八甲田丸」が就航。

「大雪丸」（初代）が終航（同年10月16日廃止）。

1964年東京オリンピックの聖火を津軽丸で輸送。陸奥

湾平舘海峡入口で北海道、青森県の聖火ランナーが洋

上で聖火を引き継ぎ。

寝台特急「はくつる」に続する3・4便に限り運航時間

を3時間50分に短縮。初めて4時間の壁を破る。

​「摩周丸」（初代）が終航（同年12月7日廃止）。

「第八青函丸」が終航（同年12月14日廃止）。

「松前丸」（2代）が就航。

「第七青函丸」が終航（翌年1月16日廃止）。

「大雪丸」（2代）が就航。

「羊蹄丸」（初代）が終航（同年7月15日下関へ回航、同年8月12日廃止）。

「摩周丸」（2代）が就航。

「第十二青函丸」が終航（同年7月7日廃止）。

「羊蹄丸」（2代）が就航。

「渡島丸」（初代）が終航（同年9月21日廃止）。

「石狩丸」（初代）が終航（同年10月18日廃止）。

旅客便の運航時間を3時間50分に統一。

「十和田丸」（初代）が終航。車両渡船に改造の上、「石狩丸」（2代）に改称。

「十和田丸」（2代）が就航。

「十和田丸」（初代）改め「石狩丸」（2代）が就航。

同日青森発の「十和田丸」（2代）より自動車航送開始。当初は「津軽丸」型7隻の遊歩甲板後部に6台積みだったが、最終的には13台積みとされた。ただ、甲板上の露天積みであり荒天時には海水をかぶるため、後年国鉄では洗車のサービスを行った。

9月27日：室蘭本線不通のため、青森港 - 室蘭港間にて「檜山丸」（初代）・「空知丸」（初代）を使用した貨物輸送を実施。

「日高丸」（初代）が終航（翌年2月18日廃止）。

「渡島丸」（2代）貨車航送船 渡島丸型が就航。

「十勝丸」（初代）が終航。

「日高丸」（2代）貨車航送船 渡島丸型が就航。

「十勝丸」（2代）貨車航送船 渡島丸型が就航。

1970年代前半には1日30往復もの運航が行われることもあったが、その後は旅客需要の航空移転や民間フェリー航路の整備に伴い、客貨ともに輸送量が急激に減少した（最盛期は1973年（昭和48年）の約498万人）。

函館本線・室蘭本線土砂崩れで不通のため、函館港 - 室蘭港間で連絡船による列車代行を実施。「摩周丸」（2代）・「十和田丸」（2代）が就航し、上下あわせて約15,000人を輸送。

「空知丸」（初代）が終航。

「空知丸」（2代）貨車航送船 渡島丸型が就航。

「檜山丸」（初代）が終航。

「檜山丸」（2代）貨車航送船 渡島丸型が就航。

「石狩丸」（2代）が終航。

「石狩丸」（3代）貨車航送船 渡島丸型が就航。

「渡島丸」（2代）が休航。

「マリーンガール」登場。以降夏の観光シーズンに観光案内等乗客のサービスにあたる。

「日高丸」（2代）が休航係船。

「津軽丸」（2代）の終航に伴い、休航係船中の「日高丸」（2代）が運航再開。

「石狩丸」（3代）を車載客船に改造し、再就航。

「檜山丸」（2代）を車載客船に改造し、再就航。

「松前丸」（2代）が終航。

「日高丸」（2代）・「十勝丸」（2代）が終航係船。

摩周丸、航海中に火災が発生し、乗組員3名が死亡する。

「石狩丸」（3代）・「檜山丸」（2代）による二輪車・自転車航送開始。

70万キロ航海達成（羊蹄丸）。

函館駅の桟橋乗降口を閉鎖。

臨時雇用員乗船開始。

国鉄分割民営化に伴い、北海道旅客鉄道（JR北海道）函館支店に承継。同時に船籍が東京から函館に移る。

1988年（昭和63年）

「大雪丸」（2代）が終航。有川第3岸壁に係船。

1964年（昭和39年）以来、四半世紀ぶりに「別れのテープ」の使用を解禁。

「空知丸」（2代）が終航。有川第4岸壁に係船。

青函トンネルを含む海峡線（津軽海峡線）の開業に伴い、鉄道連絡船としての使命を終え、同日限りで運航を終了。最終は函館発が「羊蹄丸」（2代）、青森発が「八甲田丸」。3月13日のみ青函トンネルと青函連絡船の両方が営業を行った。

「摩周丸」（2代）・「十和田丸」（2代）・「石狩丸」（3代）・「八甲田丸」・「羊蹄丸」（2代）が終航。「摩周丸」（2代）・「八甲田丸」・「羊蹄丸」（2代）はドック岸壁、「十和田丸」（2代）は函館第1岸壁、、「石狩丸」（3代）は函館第2岸壁にそれぞれ係船。

暫定（復活）運航を開始。使用船は「羊蹄丸」（2代）・「十和田丸」（2代）。

暫定運航を終了。

暫定運行に使用されていた「十和田丸」（2代）が函館に回航されたのを最後に、青函連絡船は津軽海峡から完全に消えた。また、青函連絡船が正式に廃止され、名実共に80年の歴史に幕を閉じる。